Přejít k hlavnímu obsahu

Laboratoř experimentální medicíny

Laboratoř experimentální medicíny (LEM) byla založena v roce 1998 na Dětské klinice Lékařské fakulty Univerzity Palackého v Olomouci a Fakultní nemocnice Olomouc. Později, v roce 2010, se LEM stala hnací silou při budování a založení Ústavu molekulární a translační medicíny. 

Naši výzkumní pracovníci působí ve výzkumných skupinách a provádějí molekulární, buněčný a integrativní výzkum na nejvyšší mezinárodní úrovni a vychovávají novou generaci úspěšných vědců. Studujeme biologické procesy, které řídí normální i patologické funkce lidského těla a podílejí se na patogenezi onemocnění. Přestože náš výzkum není zaměřen na konkrétní onemocnění (je tzv. disease agnostic), většina naší odbornosti se týká nádorových onemocnění, zánětů, infekcí, vzácných onemocnění a neurodegenerace. Spektrum našeho výzkumu sahá od základního a translačního výzkumu, včetně výzkumu a vývoje malých molekul a radiofarmak, identifikace nových terapeutických cílů, repozicování léčiv, prvního podání molekul člověku (klinické studie fáze I), studií identifikace a validace biomarkerů a vývoje diagnostik in vitro, až po studie reálné klinické praxe (real-world evidence) využívající rutinně shromažďovaná data. Několik našich výzkumných pracovišť bylo oceněno jako vynikající na národní i evropské úrovni. Snažíme se také naším zápalem pro výzkum motivovat mladé vědce a prohlubovat jejich zájem o základní i aplikovaný výzkum. Seznamujeme je s nejnovějšími vědeckými poznatky a špičkovými technologiemi a připravujeme je na celoživotní vzdělávání v jejich budoucí kariéře. 

Oblasti výzkumu
Mezi naše výzkumné zájmy a oblasti patří
  • Výzkum a vývoj malých molekul a biologik pro inovativní terapie
  • Zobrazování a značení lidských onemocnění, vývoj radiofarmak
  • Identifikace a validace diagnostických, prognostických a prediktivních biomarkerů pro zlepšení časné diagnostiky onemocnění a rozvoj personalizované medicíny
  • Hlubší porozumění komplexitě onemocnění s využitím multidimenzionálních -omických technik (proteomika, genomika, transkriptomika, metabolomika, lipidomika, cellulomika aj.)
  • Rozvoj vysokokapacitní biologie a screeningových technik v medicínském výzkumu
  • Výzkum translačních modelů in vitro a in vivo (např. organoidy, xenografty odvozené od pacientů, indukované pluripotentní kmenové buňky)
  • Vývoj informačních technologií, včetně umělé inteligence, a řešení pro podporu správy dat (data stewardship) v biomedicíně
  • Rozvoj nanotechnologií pro léčbu a detekci lidských onemocnění; preklinické studie proof-of-concept a časné fáze klinických studií. 
Vybrané publikace
YANG, C., L. POSTOVA SLAVETINSKA, M. FLEUTI, B. KLEPETAROVA, M. TICHÝ, S. GURSKÁ, P. PAVLIŠ, P. DŽUBÁK, M. HAJDÚCH, M. HOCEK
Synthesis of Polycyclic Hetero-Fused 7-Deazapurine Heterocycles and Nucleosides through C-H Dibenzothiophenation and Negishi Coupling. Journal of the American Chemical Society. 2022, 144(42), 19437-19446, ISSN: 0002-7863, PMID: 36245092,
KVAKOVA, K., M. ONDRA, J. SCHIMER, M. PETŘÍK, Z. NOVÝ, H. RAABOVA, M. HAJDÚCH, P. CIGLER
Visualization of Sentinel Lymph Nodes with Mannosylated Fluorescent Nanodiamonds. Advanced Functional Materials. 2022, 32(23), 2109960, ISSN: 1616-301X,
KVAKOVA, K., M. ONDRA, J. SCHIMER, M. PETŘÍK, Z. NOVÝ, H. RAABOVA, M. HAJDÚCH, P. CIGLER
Visualization of Sentinel Lymph Nodes with Mannosylated Fluorescent Nanodiamonds. Advanced Functional Materials. 2022, 32(23), 2109960, ISSN: 1616-301X,
Časopisy
NOVOTNÝ, J., L. SRT, G. STOKIN
Emotion regulation shows an age- and sex-specific moderating effect on the relationship between chronic stress and cognitive performance. Scientific Reports. 2024, 14(1), 3028, ISSN: 2045-2322, PMID: 38321166,  PDF.
ZUGEC, M., B. FURLANI, M. CASTANON, B. RITUPER, I. FISCHER, G. BROGGI, R. CALTABIANO, G. BARBAGALLO, M. DI ROSA, D. TIBULLO, R. PARENTI, N. VICARIO, S. SIMCIC, V. POZO DEVOTO , G. STOKIN, G. WICHE, J. JORGACEVSKI, R. ZOREC, M. POTOKAR
Plectin plays a role in the migration and volume regulation of astrocytes: a potential biomarker of glioblastoma. Journal of Biomedical Science. 2024, 31(1), 14, ISSN: 1021-7770, PMID: 38263015,  PDF.
NOVOTNÝ, J., J. GONZALES-RIVAS, S. KUNZOVA, M. SKLADANA, A. POSPISILOVA, M. VASSILAKI, J. MEDINA-INOJOSA, F. LOPEZ-JIMENEZ, Y. GEDA, G. STOKIN
The long-term effects of consecutive COVID-19 waves on mental health. BJPsych open. 2023, 10(1), e15, ISSN: 2056-4724, PMID: 38111960,
Knihy a kapitoly v knihách
ŠAREK, J., M. KVASNICA, M. VLK, M. URBAN, P. DŽUBÁK, M. HAJDÚCH
The Potential of Triterpenoids in the Treatment of Melanoma, 1.vyd, Rijeka, InTech, 2011, 7, 125-158, Dedication: 305/09/1216, ISBN: 978-953-307-293-7,
Volná místa
1 Chemická biologie a experimentální terapie
Projekt: The role of tumor hypoxia in the emergence of acquired resistance to drugs aimed at microtubules
Vedoucí: Das Viswanath M.Sc., Ph.D.
K dispozici: 1
Určeno pro: Doktorské studium
Souhrn: 1 místo v prezenční formě studia
5 Molekulární a translační medicína
Projekt: Generation of 3D human neuronal cultures: application to modeling CNS diseases
Vedoucí: Das Viswanath M.Sc., Ph.D.
K dispozici: 1
Určeno pro: Magisterské studium
Souhrn: -
Projekt: Biochemical and cellular analysis of amyloid staining agents in models of tauopathies and synucleopathies
Vedoucí: Das Viswanath M.Sc., Ph.D.
K dispozici: 1
Určeno pro: Magisterské studium
Souhrn: -
Projekt: Investigating Effects of Aggregates of Intrinsically Disordered Proteins on Microglia: Implication for Neurodegenerative Diseases
Vedoucí: Das Viswanath M.Sc., Ph.D.
K dispozici: 1
Určeno pro: Magisterské studium
Souhrn: -
Projekt: Efficacy of Bruton Tyrosine Kinase Inhibitors Against Neuroinflammation in Neurodegenerative Diseases
Vedoucí: Das Viswanath M.Sc., Ph.D.
K dispozici: 1
Určeno pro: Magisterské studium
Souhrn: -
Projekt: Plasmonic nanomaterials in cancer theranostics
Vedoucí: Ranc Václav Ph.D.
K dispozici: 2
Určeno pro: Doktorské studium
Souhrn: 2 místa v prezenční nebo kombinované formě studia
1 Chemoinformatics
Projekt: Postdoctoral fellow/Researcher
Vedoucí: Polishchuk Pavlo Ph.D., M.Sc.
K dispozici: 1
Určeno pro: Postdoktorandské studium
Souhrn: Skupina chemoinformatiky a návrhu léčiv Ústavu molekulární
a translační medicíny Lékařské fakulty Univerzity Palackého
v Olomouci, Česká republika
(https://imtm.cz/laboratories/chemoinformatics-and-drug-design), hledá
postdoktorandského pracovníka se zkušenostmi v oblasti chemoinformatiky
a programování.

Hlavním cílem skupiny je vývoj nových výpočetních přístupů
a softwarových nástrojů pro návrh léčiv a jejich uplatnění
v projektech medicinální chemie
zaměřených na identifikaci a optimalizaci hitů/leadů a na identifikaci cílových struktur.

Úspěšný uchazeč se bude podílet především na projektu
de novo návrhu a optimalizace léčiv založeného na fragmentech. Bude
implementovat nové a zdokonalovat stávající nástroje a přístupy, retrospektivně je
validovat a uplatňovat v probíhajících projektech medicinální chemie
realizovaných na našem pracovišti v úzké spolupráci s medicinálními
chemiky a biology. V závislosti na svých zkušenostech a dovednostech se uchazeč může zapojit i do dalších výzkumných projektů.

Formální požadavky:
Ph.D. v oboru chemie, chemoinformatiky, informatiky nebo v příbuzných
oborech, případně 3 roky praxe v relevantních oborech
zkušenosti s molekulárním dockingem / farmakoforovým modelováním / strojovým
učením
znalost RDKit
dobrá znalost programování v jazyce Python a zkušenosti s vývojem
softwaru
dovednosti v oblasti analýzy dat
základní znalosti medicinální chemie výhodou
kvalitní publikační činnost
výborná znalost angličtiny slovem i písmem

Pozice bude otevřena na 2–3 roky s možností
prodloužení.

Neformální dotazy i přihlášky obsahující životopis
a seznam publikací spolu s motivačním dopisem popisujícím
výzkumné zájmy a dosavadní úspěchy uchazeče
zasílejte e-mailem na adresu
pavlo.polishchuk@upol.cz.
13 Molecular and Translational Medicine
Projekt: Systems approaches to understanding aging and neurodegeneration
Vedoucí: Das Viswanath M.Sc., Ph.D.
K dispozici: 2
Určeno pro: Doctoral training
Projekt: Role of axonal transport and pathology in neurodegeneration
Vedoucí: Das Viswanath M.Sc., Ph.D.
K dispozici: 2
Určeno pro: Doctoral training
Projekt: Research and development of agents for cancer, neurodegenerative and infectious diseases
Vedoucí: De Sanctis Juan Bautista Ph.D., Hajdúch Marián M.D., Ph.D., Džubák Petr M.D., Ph.D., Urban Milan Ph.D., Das Viswanath M.Sc., Ph.D.
K dispozici: 5
Určeno pro: Doctoral training
Projekt: Isolation and analysis of membrane lipid rafts using a non-targeted metabolomics and lipidomics approach
Vedoucí: Najdekr Lukáš Ph.D.
K dispozici: 1
Určeno pro: Doctoral training
Projekt: Use of open-source software approaches for analysis of metabolomic and lipidomic clinical data
Vedoucí: Najdekr Lukáš Ph.D.
K dispozici: 1
Určeno pro: Doctoral training
Projekt: Identification of proteomic biomarkers in proximal fluids and tissues
Vedoucí: Džubák Petr M.D., Ph.D., Hajdúch Marián M.D., Ph.D.
K dispozici: 2
Určeno pro: Doctoral training
Projekt: Preclinical development of molecular imaging agents
Vedoucí: Petřík Miloš Assoc. Prof., PharmDr., Ph.D.
K dispozici: 2
Určeno pro: Doctoral training
Projekt: Ligand- and structure-based modeling of biologically active compounds
Vedoucí: Polishchuk Pavlo Ph.D., M.Sc.
K dispozici: 1
Určeno pro: Doctoral training
Projekt: Biologically active molecules and their therapeutic combinations
Vedoucí: Hajdúch Marián M.D., Ph.D.
K dispozici: 2
Určeno pro: Doctoral training
Projekt: Anticancer drugs targeting nucleic acid metabolism
Vedoucí: Hajdúch Marián M.D., Ph.D., Džubák Petr M.D., Ph.D.
K dispozici: 2
Určeno pro: Doctoral training
Projekt: Identification of proteomic biomarkers in exhaled breath condensate patients with systemic or pulmonary disease
Vedoucí: Džubák Petr M.D., Ph.D., Hajdúch Marián M.D., Ph.D.
K dispozici: 2
Určeno pro: Doctoral training
Projekt: Development of 3D pharmacophore signatures and their application in anticancer drug design
Vedoucí: Polishchuk Pavlo Ph.D., M.Sc.
K dispozici: 1
Určeno pro: Doctoral training
Projekt: Genetic and epigenetic biomarkers in health and disease
Vedoucí: Slavkovský Rastislav Ph.D., Džubák Petr M.D., Ph.D., Hajdúch Marián M.D., Ph.D., Drábek Jiří Ph.D., Koudeláková Vladimíra Ph.D.
K dispozici: 5
Určeno pro: Doctoral training
10 Other specializations
Projekt: Applicability domains in machine learning modeling
Vedoucí: Polishchuk Pavlo Ph.D., M.Sc.
K dispozici: 1
Určeno pro: Master training
Projekt: Computationally guided optimization of compound properties
Vedoucí: Polishchuk Pavlo Ph.D., M.Sc.
K dispozici: 1
Určeno pro: Master training
Projekt: Novel 3D pharmacophore representation for machine learning
Vedoucí: Polishchuk Pavlo Ph.D., M.Sc.
K dispozici: 1
Určeno pro: Master training
Projekt: Fragment-based de novo design using pharmacophore models
Vedoucí: Polishchuk Pavlo Ph.D., M.Sc.
K dispozici: 1
Určeno pro: Master training
Projekt: Radiolabelled peptides for cancer imaging
Vedoucí: Petřík Miloš Assoc. Prof., PharmDr., Ph.D.
K dispozici: 1
Určeno pro: Master training
Projekt: Radiolabelled siderophores for infection imaging
Vedoucí: Petřík Miloš Assoc. Prof., PharmDr., Ph.D.
K dispozici: 1
Určeno pro: Master training
Projekt: In vivo imaging of 68Ga labelled biomolecules
Vedoucí: Petřík Miloš Assoc. Prof., PharmDr., Ph.D.
K dispozici: 1
Určeno pro: Bachelor training
Projekt: Small animal imaging using microPET/SPECT/CT system in preclinical developement of potential drugs
Vedoucí: Nový Zbyněk Ph.D.
K dispozici: 1
Určeno pro: Bachelor training
Projekt: Epigenetic biomarkers
Vedoucí: Drábek Jiří Ph.D.
K dispozici: 1
Určeno pro: Master training
Projekt: Genetic biomarkers
Vedoucí: Drábek Jiří Ph.D.
K dispozici: 1
Určeno pro: Master training