Obrázek záhlaví
Polishchuk Pavlo Ph.D., M.Sc.
Akademický titul: doc.
E-mail: pavlo.polishchuk@upol.cz
Telefon: +420 585632297
Skupiny: IMTM, LEM, PERSONÁL
O mně
I'm a chemoinformatician mainly involved in medicinal chemistry projects of development of new drugs. Author of approaches and open-source software for:
- representation of chemical compounds, their mixtures, quasi-mixtures and chemical reactions for modeling purposes;
- interpretation of QSAR models to retrieve SAR knowledge and use for drug design;
- 3D pharmacophore hashes, ligand-based and MD-based pharmacophore modeling;
- de novo design and structure generation;
- multi-instance learning.
Author of 5 book chapters and more than 85 journal papers.
Research interests: Medicinal and bioorganic chemistry, molecular and drug design, chemoinformatics, machine learning and data mining, programming.
The group page - https://imtm.cz/laboratories/chemoinformatics-and-drug-design?language_content_entity=en
Web-site: http://qsar4u.com
Journals
Books & book chapters
Multi-instance Learning for Structure-Activity Modeling for Molecular Properties, 1.vyd, Kazan, Springer, 2021, 7, 62-71, Dedication: RFMEFI57518X0177, ISBN: 978-3-030-39574-2,
The Cross-Interpretation of QSAR Toxicological Models, 1.vyd., Springer, Cham, 2020, 262-273, ISBN: 978-3-030-57820-6,
Structural, Physicochemical and Stereochemical Interpretation of QSAR Models Based on Simplex Representation of Molecular Structure, 1st, Springer International Publishing, 2018, 4, 107-147, ISBN: 978-3-319-56849-2,
Postdoctoral mentorship
Sriramulu Dinesh Kumar Ph.D.
Stav: Probíhající od 2024.
Doctoral mentorship
Matveieva Mariia
Automatic mining of relationships between structure and activity in chemical databases
Stav: Absolvoval od 2016 do 2022.
Minibaeva Guzel
De novo design of syntheticaly feasible molecules
Stav: Ongoing od 2020.
Ivanova (Nikonenko) Aleksandra
In silico design of compounds with desired properties
Stav: Absolvoval od 2019 do 2026.
Master mentorship
Švec Dávid
Data-driven optimization of compound properties and exploration of a chemical space
Stav: Absolvoval od 2016 do 2019.
Bachelor mentorship
Pitarch Marta
Morphological profiling of bioactive alkaloids in HepG2 cells using the cell painting assay
Stav: Graduated od 2024 do 2025.
Volná místa
1 Chemoinformatics
| Projekt: | Postdoctoral fellow/Researcher |
|---|---|
| Vedoucí: | Polishchuk Pavlo Ph.D., M.Sc. |
| K dispozici: | 1 |
| Určeno pro: | Postdoktorandské studium |
| Souhrn: | Skupina chemoinformatiky a návrhu léčiv Ústavu molekulární a translační medicíny Lékařské fakulty Univerzity Palackého v Olomouci, Česká republika (https://imtm.cz/laboratories/chemoinformatics-and-drug-design), hledá postdoktorandského pracovníka se zkušenostmi v oblasti chemoinformatiky a programování. Hlavním cílem skupiny je vývoj nových výpočetních přístupů a softwarových nástrojů pro návrh léčiv a jejich uplatnění v projektech medicinální chemie zaměřených na identifikaci a optimalizaci hitů/leadů a na identifikaci cílových struktur. Úspěšný uchazeč se bude podílet především na projektu de novo návrhu a optimalizace léčiv založeného na fragmentech. Bude implementovat nové a zdokonalovat stávající nástroje a přístupy, retrospektivně je validovat a uplatňovat v probíhajících projektech medicinální chemie realizovaných na našem pracovišti v úzké spolupráci s medicinálními chemiky a biology. V závislosti na svých zkušenostech a dovednostech se uchazeč může zapojit i do dalších výzkumných projektů. Formální požadavky: Ph.D. v oboru chemie, chemoinformatiky, informatiky nebo v příbuzných oborech, případně 3 roky praxe v relevantních oborech zkušenosti s molekulárním dockingem / farmakoforovým modelováním / strojovým učením znalost RDKit dobrá znalost programování v jazyce Python a zkušenosti s vývojem softwaru dovednosti v oblasti analýzy dat základní znalosti medicinální chemie výhodou kvalitní publikační činnost výborná znalost angličtiny slovem i písmem Pozice bude otevřena na 2–3 roky s možností prodloužení. Neformální dotazy i přihlášky obsahující životopis a seznam publikací spolu s motivačním dopisem popisujícím výzkumné zájmy a dosavadní úspěchy uchazeče zasílejte e-mailem na adresu pavlo.polishchuk@upol.cz. |
4 Bioinformatika / Chemoinformatika
| Projekt: | Modeling of biologically active compounds based on ligands and structure |
|---|---|
| Vedoucí: | Polishchuk Pavlo Ph.D., M.Sc. |
| K dispozici: | 1 |
| Určeno pro: | Doktorské studium |
| Souhrn: | 1 místo v prezenční formě studia |
| Projekt: | Explainable artificial intelligence in chemoinformatics |
|---|---|
| Vedoucí: | Polishchuk Pavlo Ph.D., M.Sc. |
| K dispozici: | 1 |
| Určeno pro: | Doktorské studium |
| Souhrn: | 1 místo v prezenční formě studia |
| Projekt: | Multi-instance learning in chemoinformatics |
|---|---|
| Vedoucí: | Polishchuk Pavlo Ph.D., M.Sc. |
| K dispozici: | 1 |
| Určeno pro: | Doktorské studium |
| Souhrn: | 1 místo v prezenční formě studia |
| Projekt: | Chemoinformatic approaches to drug design based on fragments |
|---|---|
| Vedoucí: | Polishchuk Pavlo Ph.D., M.Sc. |
| K dispozici: | 1 |
| Určeno pro: | Doktorské studium |
| Souhrn: | 1 místo v prezenční formě studia |
2 Molecular and Translational Medicine
| Projekt: | Development of 3D pharmacophore signatures and their application in anticancer drug design |
|---|---|
| Vedoucí: | Polishchuk Pavlo Ph.D., M.Sc. |
| K dispozici: | 1 |
| Určeno pro: | Doctoral training |
| Projekt: | Ligand- and structure-based modeling of biologically active compounds |
|---|---|
| Vedoucí: | Polishchuk Pavlo Ph.D., M.Sc. |
| K dispozici: | 1 |
| Určeno pro: | Doctoral training |
3 Molekulární a translační medicína
| Projekt: | Analysis of morphological compound profiles |
|---|---|
| Vedoucí: | Polishchuk Pavlo Ph.D., M.Sc. |
| K dispozici: | 1 |
| Určeno pro: | Doktorské studium |
| Souhrn: | 1 místo na plný úvazek |
| Projekt: | Structural optimization of compounds to improve biological activity profiles |
|---|---|
| Vedoucí: | Polishchuk Pavlo Ph.D., M.Sc. |
| K dispozici: | 1 |
| Určeno pro: | Doktorské studium |
| Souhrn: | 1 místo na plný úvazek |
| Projekt: | Prediction of compound properties based on molecular representations |
|---|---|
| Vedoucí: | Polishchuk Pavlo Ph.D., M.Sc. |
| K dispozici: | 1 |
| Určeno pro: | Doktorské studium |
| Souhrn: | 1 místo na plný úvazek |
5 Other specializations
| Projekt: | Computationally guided optimization of compound properties |
|---|---|
| Vedoucí: | Polishchuk Pavlo Ph.D., M.Sc. |
| K dispozici: | 1 |
| Určeno pro: | Master training |
| Projekt: | Novel 3D pharmacophore representation for machine learning |
|---|---|
| Vedoucí: | Polishchuk Pavlo Ph.D., M.Sc. |
| K dispozici: | 1 |
| Určeno pro: | Master training |
| Projekt: | Fragment-based de novo design using pharmacophore models |
|---|---|
| Vedoucí: | Polishchuk Pavlo Ph.D., M.Sc. |
| K dispozici: | 1 |
| Určeno pro: | Master training |
| Projekt: | De novo design of compounds for protein targets |
|---|---|
| Vedoucí: | Polishchuk Pavlo Ph.D., M.Sc. |
| K dispozici: | 1 |
| Určeno pro: | Bakalářské studium |
| Souhrn: | - |
| Projekt: | Applicability domains in machine learning modeling |
|---|---|
| Vedoucí: | Polishchuk Pavlo Ph.D., M.Sc. |
| K dispozici: | 1 |
| Určeno pro: | Master training |